「一般社団法人日本マイクロクレデンシャル機構」は、2023年8月に大学の国際化促進フォーラム、Japan Virtual Campus運営委員会（以下、JV-Campus）、一般社団法人日本オープンオンライン教育推進協議会（以下、JMOOC）の3団体合同で立ち上げた「マイクロクレデンシャル共同ＷＧ」を前身としています。

国内にマイクロクレデンシャルを普及することと共に、アジア太平洋地区におけるマイクロクレデンシャルの国際連携を目指して取り組みを進めてきました。この活動を更に公益性を高めていくことを目的とした「一般社団法人日本マイクロクレデンシャル機構」を2025年10月23日に設立しました。